Die erste urkundliche Erwähnung Kapruns erfolgte am 9. Februar 931 mit dem keltischen Namen Chataprunnin (wildes Wasser) im Codex Odalberti. Der Ort war jahrhundertelang ein Bergbauerndorf. Ausgrabungsfunde weisen im Bereich des Bürgkogels (nahe der Talstation der Maiskogelseilbahn) auf keltische Bergbauaktivitäten hin. Im Jahre 1166 wurden die Kapruner Besitzungen der Herren der Falkenstein-Neuburg im Codex Falkensteinensis erwähnt. Der Bau des sog. Tauernkraftwerks wurde während der nationalsozialistischen Herrschaft mit jüdischen Zwangsarbeitern, die in einem Lager in Kaprun untergebracht waren, begonnen. Das Leiden der jüdischen Zwangsarbeiter und das Verdrängen dieser Geschichte im Nachkriegsösterreich wurden auch Thema des Theaterstückes "Das Werk" von Elfriede Jelinek (2003). Das Kraftwerk Kaprun (Tauernkraftwerke AG) wurde schließlich nach dem Ende des 2. Weltkrieges als Aufbauleistung Österreichs zum nationalen Mythos verklärt. Mit der Fertigstellung der Tauernkraftwerke 1955 erlebte der Ort einen kontinuierlichen Aufschwung. Durch eine in drei Etappen angelegte Seilbahn (erbaut 1963–1965, seither stetig ausgebaut) auf das Kitzsteinhorn wurde erstmals in Österreich ein Gletscherskigebiet erschlossen. Das Schigebiet wurde seitdem kontinuierlich beträchtlich erweitert.
Nachdem im Bereich der Burg Kaprun bei Tiefbohrungen Heilwasser gefunden wurde ist in Kaprun mit Baukosten von 83 Mio. € ein Wellness- und Erlebnisbad (Tauern Spa World) mit insgesamt 2.100 m² Wasserfläche errichtet worden - die Eröffnung erfolgte am 8. November 2010.