Stuhlfelden wurde erstmals in der um das Jahr 963 zu Lengdorf zitierten Urkunde als „Stuolueldum“ erwähnt, mit der die edle Frau Rosmout dem damaligen Erzbischof Friedrich I. eine Hube (=Bauernlehen) bei Taxenbach, mit großen Wäldern vom Erlbach bei der Fuscher Ache bis zur Gasteiner Ache, mitsamt allen Rechten übergab und dafür als Entschädigung eine Hube bei Stuhlfelden („unam hoban ad Stoulueldum“) mitsamt Zehentrecht erhielt. Mit der Erwähnung 963 ist Stuhlfelden die ältestgenannte Gemeinde des Oberpinzgaus.
Das aus dem Althochdeutschen und Mittelhochdeutschen stammende Bestimmungswort „Stuol“ reiht sich in die vor allem im Pinzgau und Pongau häufig vorkommenden „Stuhl“-Namen ein, und bedeutet „Stuhl“ bzw. auch „Dachstuhl“.
Als „Stuhl“ käme nach Josef Lahnsteiner (Ur- und Pfarrgeschichte Stuhlfelden, Seite 3) der heute bereits Schotter verdeckte Stein in Betracht, an dem die älteste Kapelle „Maria auf dem Stein“ errichtet worden war. Eine Deutung als Königs- oder Richterstuhl ist für diese Gegend nicht zulässig
Stuhlfelden war bereits in prähistorischer Zeit Bergbaustätte. Bereits für das Jahr 1160 lässt sich mit Heinrich von Stuhlfelden ein Pfarrer im Ort nachweisen. Bis in das 13. Jahrhundert war Stuhlfelden die alleinige Pfarre des gesamten Oberpinzgaus.
1215 gründete Erzbischof Eberhard II. von Regensberg das Bistum Chiemsee und verleibte diesem zur Sicherung dessen Einkünfte mehrere Salzburger Pfarreien, darunter Stuhlfelden, Zell am See und Bischofshofen, ein. Aus der Zahl der festgesetzten, zu haltenden Geistlichen, lässt sich ersehen, dass Stuhlfelden damals eine behäbige Pfarre mit besseren Einkünften gewesen sein muss.
Im Jahr 1216 fand erstmals das heute zu mehreren kleinen Höfen aufgeteilte Bauernlehen Wilhelmsdorf Erwähnung. Weitere alte Höfe aus dieser Zeit sind Bam (Poum) ob Pirtendorf, das Oellehen, das Gut auf dem Puhel in Pirtendorf und das Zehentergut (Gut Pirtendorf). Der erste Hof im Dorf war das Stuhlfeldnergut (heute Unterbäck).
Im Hochmittelalter war in Stuhlfelden das Urbaramt (hier „Kellenamt genannt“) der Grafen von Matrei-Lechsgemünd, die die Grafschaft Pinzgau vom Reich zu Lehen hatten. Als 1228 der Pinzgau an das Erzbistum Salzburg kam, blieb dieses „Kellenamt“ in Stuhlfelden, neben dem Pflegegericht in Mittersill, bestehen.
Nach der Säkularisation kam das bis dahin eigenständige, nunmehrige Fürsterzbistum Salzburg während der französischen Kriege abwechselnd unter bayrische, französische und österreichische Herrschaft. Erst 1816, mit der Teilung des Landes (Salzburg verlor etwa ein Drittel seiner Fläche an Bayern, darunter den ertragreichen heutigen Rupertiwinkel, Tirol, Kärnten und der Steiermark) kam das einstmalige Erzbistum und damit der Pinzgau zu Österreich.